全國科普教育基地是由科技、教育、文化、衛生、農業、安全、自然資源、旅游等領域機構興辦，面向社會和公眾開放，具有科普和教育功能的示范性場所，每五年評審一次。為貫徹落實《全民科學素質行動規劃綱要(2021-2035年)》，提升社會化科普工作能力，2021年10月，中國科協啟動2021-2025年全國科普教育基地認定工作。經過初評、終評和公示等程序，全國共計800個單位入選第一批全國科普教育基地，中國科學院南京地質古生物研究所南京古生物博物館成功入選，有效期至2025年。
近年來，南京古生物所深入開展落實科學傳播和科普教育工作，作為研究所重要的科普教育基地，在院黨組專項經費的支持下，南京古生物博物館把握國家博物館事業高質量發展的重要戰略機遇，積極完善優化博物館展陳服務體系。
此次升級改造歷經多輪選比，最終選定由地學旅游、地學博物館領域資深服務機構北京一彩空間工程技術有限公司設計實施，系統梳理了科學內容，以38億年生物演化史重要事件為主線優化調整參觀線路;新增大型斑彩菊石、三葉蟲集群、魚龍海百合墻、大型棕櫚葉、澄江生物群"網紅"麒麟蝦、埃迪卡拉生物群地球上最早的動物足跡、琥珀中的奇特昆蟲等精品化石;
導入“達爾文實驗站”“3D科幻電影”“寒武紀蟲蟲秀涂鴉互動”“化石小獵人”等科普互動項目;新增古生物主題科學咖啡廳、古生物主題文創商店等服務設施;新建博物館智慧導覽解說系統;推出面向中小學學校及社會的“李四光少年科學營”系列科普研學服務品牌。歷經一年的閉館升級改造，于2021年元旦開始向公眾免費開放，升級后的20多個展廳和展區，以全新的科學內容、新穎的展陳設計、精美的化石標本、完善的科普服務,通過豐富多彩的億萬年化石,講述波瀾壯闊的地球演化歷程和生命起源的奧秘。館內精品化石豐富，尤以甕安生物群、澄江生物群、埃迪卡拉生物群、熱河生物群和琥珀生物群等化石最為珍稀，充分展示世界級化石珍品的精美絕倫。科普及文旅服務水平顯著提高，深受公眾和媒體好評。
據館方介紹，南京古生物博物館《演變中的地球，進化中的生命》展覽還入選了“典贊·2021科普中國”十大科普作品，成為入選作品中僅有的兩個科普展覽之一。
依靠南京古生物研究所雄厚的科研實力和世界級的研究成果，南京古生物博物館發揮高水平科研專家的優勢，深入挖掘化石標本的科學內涵，講好地球演變和生命進化的精彩故事，為深入推動古生物科普教育和科學傳播，提高全民科學素養，再創新的輝煌做出新貢獻。
