民航總醫院官網顯示，該院始建于1982年，2010年重新整合為民航醫學中心，包括民航總醫院、民用航空醫學研究所、民用航空人員體檢鑒定所和航空醫學系培訓部，是一所醫教研為一體、具有航空醫學特色的三級綜合醫院，是全國民航唯一三級綜合醫院，也是中國唯一一家國際航空航天醫學會委員單位，下設的民用航空人員體檢鑒定所是全民航唯一一家航空人員三級體檢鑒定機構，是全國民航航空人員體檢鑒定醫師培訓基地。
數據顯示，2016年，民航醫學中心完成了3.6萬名飛行人員的健康體檢鑒定以及超過3萬名飛行員的心理測試數據分析，完成了華北、東北、西北地區航空人員違禁藥物和常用降壓藥物、降糖藥物的檢測，為民航飛行安全監管提供了有效技術手段。
據了解，民航總醫院目前職工1300余人，設有15個病區、31個臨床醫技科室，多個科研項目獲批民航局級科研課題立項，并獲得首發基金和國家自然科學基金、北京市自然科學基金的資助。醫院為首都文明單位、全國百姓放心示范醫院以及首都平安示范醫院。
