在非法保外就醫期間，孫小果又于1997年4月至11月犯強奸罪、強制侮辱婦女罪、故意傷害罪、尋釁滋事罪。昆明市中級人民法院于1998年2月一審對孫小果數罪并罰，決定執行死刑，剝奪政治權利終身。云南省高級人民法院經二審，于1999年3月作出改判，判處孫小果死刑，緩期二年執行，剝奪政治權利終身。判決生效后，云南省高級人民法院于2007年9月作出再審判決，改判孫小果有期徒刑二十年。