百程旅行網曾于2008年3月獲得富達亞洲、銀瑞達千萬美元A輪投資;2014年3月曾完成由阿里牽頭的近2000萬美元B輪融資。2015年7月，百程旅行網號稱將完成千和資本領投，點睛資本、飛豬資本、博雅資本等新興投資機構跟投的2億元融資。
根據百程旅行網提交的 2018 年半年報顯示，杭州阿里創業投資有限公司持股16.47%，為第二大股東。
2016年4月，百程成功掛牌新三板，成為O2O出境旅游第一股。然而，登陸新三板后，百程的經營狀況并不樂觀。2013年至2018年上半年，百程旅行凈利潤均為虧損狀態，虧損額分別為1761萬元、3663萬元、3935萬元、4511萬元、2795萬元以及1286萬元。
2019年7月18日，百程旅行發布公告稱在新三板終止掛牌。
