案發后，昆明市公安局官渡分局于2018年7月30日對其立案偵査，于8月30日對其取保候審。案件于2019年1月3日移送至官渡區人民法院后，辦案部門發現孫小果系1998年一審被判處死刑的罪犯，昆明市委遂及時向云南省委報告。省委高度重視，要求對該案深挖徹查，依法辦理。官渡區人民法院于2019年3月18日決定對其逮捕，公安機關對孫小果2010年4月刑滿釋放后涉嫌違法犯罪全面開展偵查，發現孫小果及其團伙成員先后有組織地實施了聚眾斗毆、開設賭場、尋釁滋事、非法拘禁等違法犯罪，涉嫌黑惡犯罪。
2019年4月，中央掃黑除惡第20督導組進駐云南后，將該案作為重點案件進行督辦;5月，全國掃黑辦又將該案列為掛牌督辦案件，并派大要案督辦組赴云南指導督促案件辦理工作。7月26日，云南省高級人民法院作出決定，依法對孫小果強奸、強制侮辱婦女、故意傷害、尋釁滋事案啟動再審。2019年10月14日，云南省高級人民法院依照審判監督程序對孫小果強奸、強制侮辱婦女、故意傷害、尋釁滋事一案依法再審開庭審理。
